Στην ελληνική μυθολογία η Κίρκη ήταν δευτερεύουσα θεότητα, κατ’ άλλους μάγισσα ή νύμφη. Πατέρας της ήταν ο θεός Ήλιος και μητέρα της η Πέρση, μία από τις Ωκεανίδες. Η Κίρκη ήταν αδελφή του Αιήτη και της Πασιφάης.
Η Κίρκη ζούσε στο νησί στο οποίο ήταν βασίλισσα, την Αιαία και μεταμόρφωνε τους εχθρούς της ή όσους την προσέβαλαν σε ζώα με τη χρήση μαγικών ποτών, καθώς γνώριζε πολλά για τα βότανα και τη φαρμακευτική τους επίδραση.
Η Κίρκη είναι περισσότερο γνωστή από την Οδύσσεια του Ομήρου, όπου περιγράφεται να ζει σε ένα μέγαρο στη μέση ενός ξέφωτου, σε ένα πυκνό δάσος, και να υφαίνει σε έναν τεράστιο αργαλειό. Σύμφωνα με τα λόγια του ίδιου του Οδυσσέα, τριγύρω υπήρχαν λιοντάρια και λύκοι, φαρμακωμένα θύματα της μαγείας της, που δεν ήταν επικίνδυνα για όσους επισκέπτονταν το μέρος. Εκεί έφθασαν ο Οδυσσέας και οι σύντροφοί του κατά την περιπλάνησή τους. Τους πρώτους από αυτούς που την επισκέφθηκαν η Κίρκη προσκάλεσε σε γεύμα με φαγητά στα οποία είχε ρίξει κάποιο από τα μαγικά της φίλτρα. Μετά το φαγητό, τους άγγιξε με το μαγικό της ραβδάκι και τους μεταμόρφωσε σε χοίρους. Μόνο ο Ευρύλοχος, που την υποψιάσθηκε από την αρχή, γλίτωσε και ειδοποίησε τον Οδυσσέα και τους άλλους που είχαν μείνει στα πλοία τους. Ο Οδυσσέας ξεκίνησε να σώσει τα θύματα της Κίρκης. Στο δρόμο τον πρόλαβε ο Ερμής και του είπε να προμηθευθεί το βοτάνι μώλυ για να μην έχει την ίδια τύχη. Έτσι και έγινε. Αφού τα μαγικά της Κίρκης απέτυχαν, η μάγισσα εξεπλάγη τόσο ώστε να ερωτευθεί τον Οδυσσέα και να συμφωνήσει να ξαναδώσει στους συντρόφους του την ανθρώπινη μορφή. Στη συνέχεια ο Οδυσσέας και οι σύντροφοί του παρέμειναν στο νησί της επί ένα έτος και μετά τους έδωσε οδηγίες πώς να επιστρέψουν στην πατρίδα τους, περιγράφοντάς τους δύο διαφορετικές πορείες.
Προς το τέλος του έργου του Θεογονία, ο Ησίοδος γράφει ότι η Κίρκη γέννησε τρία παιδιά από τον Οδυσσέα: τον Άγριο, τον Λατίνο και τον Τηλέγονο. Τα δύο τελευταία, όταν μεγάλωσαν, βασίλευσαν επί των Τυρρηνών ή των Ετρούσκων. Μεταγενέστεροι ποιητές όμως κάνουν λόγο μόνο για τον Τηλέγονο. Μόλις ο Τηλέγονος μεγάλωσε, η μητέρα του τον απέστειλε να βρει τον Οδυσσέα, που στο μεταξύ είχε επιστρέψει από καιρό στην Ιθάκη, αλλά όταν έφθασε εκεί, σκότωσε κατά λάθος τον πατέρα του. Επέστρεψε με το σώμα του Οδυσσέα στην Αιαία, φέρνοντας μαζί του τη χήρα του Πηνελόπη και τον Τηλέμαχο. Εκεί, η Κίρκη τους έκανε αθάνατους και παντρεύτηκε τον Τηλέμαχο, ενώ ο Τηλέγονος νυμφεύθηκε την Πηνελόπη.
Ο Διονύσιος ο Αλικαρνασσεύς αναφέρει τον ιστορικό Ξεναγόρα να υποστηρίζει ότι τα παιδιά του Οδυσσέα και της Κίρκης ήταν οι Ρώμος, Αντείας και Αρδείας, που ίδρυσαν αντιστοίχως τις πόλεις Ρώμη, Άντιο και Αρδέα.
Η Κίρκη αναφέρεται σε αρχαία παράδοση ότι εξάγνισε τους Αργοναύτες για τον θάνατο του Αψύρτου. Σε μεταγενέστερους μύθους, η Κίρκη φέρεται να μεταμόρφωσε τον Πίκο σε δρυοκολάπτη επειδή αρνήθηκε τον έρωτά της και τη Σκύλλα σε τέρας όταν ο Γλαύκος, τον οποίο αγαπούσε η Κίρκη, διακήρυξε τον αθάνατο έρωτά του για τη Σκύλλα.
Επιπλέον, η Κίρκη φέρεται να είχε μία κόρη, την Αίγα.